Az Európai Labdarúgó-szövetség (UEFA) amiatt szankcionálta a trénert, hogy a párharc első, szerdai összecsapásán a portugált kiállította Wolfgang Stark játékvezető. Mourinho a partjelzőnél tett megjegyzést arra, hogy a játékvezető a 61. percben, 0–0-s állásnál piros lapot adott Pepének.
Mourinho vélhetően nem ússza meg ennyivel a történteket, a mérkőzés után sajtótájékoztatón ugyanis élesen kikelt a Barcelona, a játékvezetők és az UEFA ellen – összeesküvés-elméletekről improvizált nagy bánatában –, ami aligha marad következmények nélkül. A katalánok mindenesetre hivatalosan már panaszt tettek a szövetségnél az őket ért vádaskodások miatt.
A portugál szakembert ebben a szezonban már két mérkőzésre eltiltotta az UEFA, miután kiderült, hogy Xabi Alonsót és Sergio Ramost az Ajax elleni csoportmeccsen arra utasította, időhúzás révén csikarjon ki sárga lapot magának, és az utolsó, tét nélküli csoporttalálkozón ne léphessen pályára a nyolcaddöntő első meccse helyett. A Real fellebbezett, a büntetést egy meccsre csökkentették, a másikat három évre felfüggesztették.
A kiállított Pepe szintén kihagyja a barcelonai visszavágót, miként sárga lapos eltiltása miatt Sergio Ramos is. A katalánok idegenben 2–0-ra győztek, és elérhető közelségbe hozták maguknak a BL-döntőt.
