Az angol játékos 2009. február 19-én a West Ham Unitedtől érkezett a lila-fehér klubhoz – akkor kölcsönjátékosként a 2008–2009-es szezon végéig. Az NB I-ben 2009. március 7-én a Siófok elleni 2–0-s győzelem alkalmával mutatkozott be.
A légiós 2009 júniusában kötött hároméves szerződést a klubbal. A magyar élvonalban 24 mérkőzésen lépett pályára az Újpest FC színeiben, gólt nem szerzett.
„Először is szeretném megköszönni az Újpest FC-nek a lehetőséget, hogy egy ilyen nagyszerű klub kötelékébe tartozhattam. Sokáig őrlődtem, míg meghoztam a döntést, hogy szeretném, ha az egyesület elengedne, és szüneteltetnénk a szerződésemet. Nagyon hiányzik a családom. A Magyarországon eltöltött egy év és két hónapot egyedül sokszor nagyon nehéz volt megélni" – nyilatkozta Tony Stokes a klub honlapján.
